arivis Browser
Der arivis Browser ist unser Grundsystem für die Aufnahme, Montage, Visualisierung und Analyse großer, multidimensionaler Bilddaten. Dabei arbeitet der arivis Browser mit den verschiedensten Bildaufnahmegeräten zusammen - von Fluoreszenzmikroskopen in den Life Sciences bis zu Luftbildkameras in der Kartographie.
Der arivis Browser ist in der Lage, beliebig große Bilddaten mit bis zu vier Dimensionen zu verwalten. Die logischen Dimensionen können dabei frei auf reelle Dimensionen abgebildet werden. Dabei ist es natürlich möglich, einzelne Dimensionen nicht zu besetzen.
So kann man mit einem vierdimensionalen Datenvolumen beispielsweise folgende Daten darstellen:
- Dreidimensionales Bildvolumen mit zusätzlicher spektraler Dimension z.B. aus der konfokalen Laserscanmikroskopie
- Zeitliche Abfolge zweidimensionaler Bilder z.B. aus der Beobachtung lebender Zellen
- Zweidimensionale Bilddaten mit mehreren Schärfentiefen z.B. zur Analyse biologischer Objekte
- Überlagerung mehrerer zweidimensionaler Datenquellen mit zusätzlichen spektralen Informationen, z.B. Luftbildfotografie oder Satellitenbilder
Die Bildvolumina (Single Image Stacks) können aus einer beliebig großen Anzahl von Einzelbildern zusammengesetzt werden (Multiple Images). Das Akquisitionsmodul des
arivis Browser kombiniert dazu konventionelle Aufnahmegeräte (z.B. Mikroskope) mit Positioniereinheiten (z.B. motorisierten Kreuztischen). Es sorgt für die räumliche Einordnung der Einzelbilder. Für die Akquisition der Einzelbilder wird die Aufnahmesoftware des Gerätes genutzt, das vom
arivis Browser über integrierte Gerätetreiber angesteuert wird. Spezielle Alignment-Module montieren aus den Einzelbildern und den räumlichen Informationen ein Gesamtvolumen und eliminieren dabei durch die Positionierung entstandene Aufnahmeartefakte. Im entstandenen Bildvolumen kann unabhängig von dessen Größe in Echtzeit navigiert werden.
Der arivis Browser ist ein modular aufgebautes, erweiterbares System. Erweiterungen sind in verschiedenen Richtungen möglich, so z.B.
- Einbindung von Geräten
- Montage und Alignment
- Import aus beliebigen Formaten
- Visualisierung der Daten
- Modifikation der Daten
- Analyse der Daten
- Export in beliebige Formate
Für den arivis Browser existieren Module, die alle Grundfunktionen eines Systems zur Datenvisualisierung abdecken, beispielsweise:
- Navigation im Datenvolumen
- Parametrische Änderungen (Kontrast, Helligkeit, Gamma...)
- Look-Up-Tabellen für Intensitätswerte (für beliebige Falschfarbdarstellung)
- Projektionen auf das Datenvolumen
- Filter und Modifikationen der Daten
- Annotation der Daten
- 3D-Visualisierung der Daten
Der arivis Browser stellt allgemeine Werkzeuge zur quantitativen Analyse von Bilddaten bereit:
- Längenmessung
- Umfangs- und Flächenmessungen
- Volumenmessungen
- Segmentierungen
Darüber hinaus existiert eine Sammlung hoch spezialisierter, auf eine genau definierte Anwendung ausgerichteter Analyse- und Auswertemodule.