Überblick
Der arivis Browser ist eine modulare und jederzeit erweiterbare Software für komplexes Arbeiten mit mehrkanaligen 2D-, 3D- und 4D- (3D über die Zeit) Bilddaten der Mikroskopie bis zu (getesteten) 750 Gigabyte unterschiedlichster Herkunft. Schon während des Imports oder der Aufnahme können Bilddaten mit dem arivis Browser leicht und in einem Arbeitsgang auf einer benutzerfreundlichen Oberfläche verwaltet, visualisiert, bearbeitet, analysiert und präsentiert werden.
Für applikationsspezifisches Arbeiten sind die Module des arivis Browser, basierend auf einer 2D + Zeit oder 3D + Zeit - Basisversion, zu verschiedenen Packages zusammengestellt (u.a. FRET, Ratio, Colocalization, Analyse und Tracking).
Die Möglichkeit, aufgenommene Bilddaten umfassend und ohne Verlust von Detailinformationen in Echtzeit zu visualisieren und zu untersuchen, machen den arivis Browser für Wissenschaftler der gehobenen Forschung in den Life Science, der Zellbiologie, Immunologie und Neurobiologie, der Pharmakologie, der Histologie und Pathologie, der Anatomie sowie in verwandten Forschungsgebieten unentbehrlich.
Der arivis Browser ist eine hochleistungsfähige und adaptive Bildverarbeitungs- und Analysesoftware, die den Anwender ab Akquisition vom Gerät (Mikroskop, Scanner, Kamera) bis hin zur Präsentation des Experiments zuverlässig unterstützt.
Unser speziell entwickeltes Datenformat ist die Basis für den intelligenten Umgang mit Bilddaten bis zu ca. 750 Gigabyte, einer Bildauflösung bis zu 2³¹ x 2³¹ Pixeln und einer räumlichen Darstellung mit bis zu 6 Dimensionen (x, y, z, t, beliebige Anzahl spektrale Kanäle, Scopes).
Ein breites Spektrum leistungsfähiger Visualisierungstechniken, ein umfassendes Farbmanagementsystem, kanalbasiertes Arbeiten, hochqualitatives 3D- und 4D-Rendering sowie ein mächtiges Analysetool bedienen hervorragend die hohen Anforderungen der biomedizinischen Forschung und machen den arivis Browser so zur Standardsoftware für große Bilddaten.
Beispiele für Applikationen
- 4D-Visualisierung physiologischer Prozesse in Langzeitexperimenten mit biologischen Lebendzellproben (Zell-, Gewebe und Embryokulturen)
- Echtzeit-Beobachtung von Wachstumsprozessen in Zellen oder Zellverbänden und Präsentation als Movie
- Zellbewegungsanalyse zur Untersuchung der Eliminierung pathogener Zellen
Zellbiologie/Neurobiologie/Pharmakologie
- FRET: Protein-Protein-Interaktionsmessung in Echtzeit (Fluorescence resonance energy transfer))
- FRAP: zeitaufgelöste Messung von Fluoreszenzintensitäten an einem bestimmten Ort
- RATIO: ratiometrische Messung und Visualisierung von Ionenkonzentrationen in lebenden Zellen über die Zeit
- konfokale Bildgebung: 3D-Visualisierung und Analyse subzellulärer Strukturen und Ca2+-Signalling
- Visualisierung der Entstehung sowie Bewegungsanalyse des Wachstums von Neuronen und neuronaler Verbindungen
- Visualisierung, Objektdetektion und Analyse pathologischer und histopathologischer Vollbildaufnahmen vom Mikroskop oder Digital Slide Scanner
- Image Fusion und 3D-Visualisierung morphologischer Untersuchungen anhand von HREM-Aufnahmen (High Resolution Episcopic Microscopy)
Applikationsspezifische Anpassungen
Die modulare Architektur unserer Software bietet dem Anwender eine hohe Funktionalität durch Nutzung bereits verfügbarer Module.
Für anspruchsvolle Anwendungen wird der arivis Browser mithilfe von Plugins, Workflows oder durch Skripte massgeschneidert der Applikation angepasst oder um diese erweitert.
Schnell und effizient lassen sich so z.B. neue Import-oder Exportformate implementieren, existierende Geräte (Mikroskope, motorisierte Kreuztische, Kameras) ansteuern, spezielle Algorithmen zur Analyse evaluieren oder auch individuelle Visualisierungsformen anpassen.
Als fairer Partner der Wissenschaftler stellen wir unsere umfassende, durchdachte, erprobte und permanent weiterentwickelte API jedem Anwender frei zur Verfügung (Plugin-SDK). Auch wir bei arivis verwenden diese API, um die Funktionen für den arivis Browser weiter zu optimieren.